Probablemente se deba a que, cuando Ud. marca el bloque de texto para insertar el marcador, Word está incluyendo automáticamente el final de párrafo, el cual contiene información sobre el formato de dicho párrafo:

Al marcar el texto, debemos hacerlo sin incluir el final del párrafo, de este modo:

Esto puede verse más claramente si pedimos a Word que nos muestre las marcas de final de párrafo:

De este modo, veremos que en el primer caso el símbolo de párrafo está incluído:

mientras que en el segundo queda fuera, que es lo correcto:

Docal sustituye todo el texto (y símbolos) que se encuentren dentro del marcador. Por tanto, si el final de párrafo u otros códigos de formato quedan dentro del marcador, Docal los sustituirá junto al resto del texto.