El archivo .IDTcds de la copia de seguridad almacena únicamente información relevante, de modo que no se puede "purgar". De hecho, si se mira el tamaño del archivo .MDF en MSDE seguramente será casi el doble de grande.
Por cierto, deberían vigilar este tamaño pues MSDE no maneja archivos mayores de 2GB. Cuando se acerque a este máximo habría que plantearse comprar licencias de SQL Server u Oracle, o pasar a SQL Express (la versión gratuita de SQL Server 2005) como se indica aquí.
Sí se puede comprimir el archivo .IDTcds, aunque por contener numerosos objetos ya comprimidos, el rendimiento no suele resultar muy alto.
Por otro lado, la versión más reciente del Gestor de Copias de Seguridad admite un modo de "copia programada" que, si se lanza a diario, mantiene 1 copia por mes y 1 por cada día de la última semana, lo cual es adecuado para la mayoría de empresas.
Saludos.